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正常婦女靠estrogen維持使陰道變成一個厚的、具抵抗力的上皮組織，靠正常細菌叢，包括好氧菌和厭氧菌[有Clostridia,
anaerobic streptococci(peptostreptococcus), aerobic Gr.B
,hemolytic streptococci,coliform bacteria,listeria，主要為Doderlein's bacilli(Lactobacillus species)]其可將上皮細菌的碳氫化合物(特別是glycogen)變成lactic acid，使陰道成酸性環境，維持pH值在4.5-5.5之間，抑制致病菌的生長，若因服用抗生素而使lactobacillus受到抑制，則yeasts或各種細菌就會繁殖。
細菌性陰道炎，有時稱為Haemophilus vaginitis,
Gardnerella vaginitis，或nonspecific vaginitis，此可反映出其主要致病菌，發生原因是因lactobacilli可產生H2O2抑制厭氧菌和其它菌種生長，若H2O2產生不足，則混合的好氧及厭氧菌會增加至10-10000倍，長出Gardnerella vaginalis比(約有40-60%的婦女會有此現像出現), Gardnerella vaginalis產生amino acid，而厭氧菌會產生酵素，會分解amino acids形成amines而使陰道pH值上升，引起上皮脫落，形成分泌物。所以惡性循環結果，pH便上升使lactobacillus變少，厭氧菌形成，G.vaginalis變多。
細菌性陰道炎的主要特徵為陰道分泌物會有魚腥味，會有灰色均質的分泌物粘著在陰唇上，女陰陰道搔癢和灼熱感則不常見，診斷細
菌性陰道炎的4個準則如下:
*均質的陰道分泌物。
*pH值大於4.5-有此特色的病患約有75%可被証實為細菌性陰道炎。
*出現"clue cells"(鱗狀上皮細胞邊緣附著有G.vaginalis而呈點狀區域)
*陽性"KOH"test(用1O% KOH加在分泌物上會產生臭魚腥味的胺類物質)。
治療目標在於貯存正常菌種至平衡狀態，減少搔癢和灼熱感，及灰色分泌物，而魚腥味可能還會存在，除非病患症狀仍然續存，否則不需再重做檢查。
Metronidazole是臨床上用來治療的第一線用藥。但不用於懷孕病人身上，因其是一種細菌變種劑（mutagenicity），故對懷孕病人，可考慮使用ampicillin, amoxicillin, cephradine。另外，服用Metronidazole期間不可喝酒，否則會有嘔吐、噁心的現象，因metronidazole的胃腸道副作用大，目前有一藥為ornidazole，其作用與metronidazole同，但副作用較小。
在病患教育部分，要提醒病患注意的事項有:(1)藥物治療期間不要有性行為除非是使用保險套。(2)藥物要服用完整的療程，因症狀消失可能會在菌種去除之前發生。
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